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1、建筑企业的分公司可以分成两类：一是因内部管理需要而设立，但并未办理工商登记的分公司，这种内部分公司多与总公司在同一地区；二是异地施工迫于当地要求而办理工商登记的分公司。
2、对于内部分公司，其实质上属于事业部，不具备独立的纳税资格，对外发生经营业务，是以总公司名义开展，也是以总公司的名义开具发票。
在会计核算上一般与总公司分账核算，在编制报表时，需要由总公司进行汇总，通过总公司向税务机关申报纳税。
因此，内部分公司与总公司之间发生业务往来均不涉及任何税收。上交利润或者管理费，一般通过「内部往来」科目核算。
3、对于办理工商登记的分公司而言，一般为独立的增值税纳税人，企业所得税方面，又可分为独立核算的分公司和非独立核算的分公司。
4、总公司与分公司之间发生业务往来，属于增值税征税范围的，应当计算缴纳增值税，如上交管理费、调拨资金、转售材料货物等；不属于增值税征税范围的，不缴纳增值税，如上交利润。
5、独立核算的分公司，独立缴纳企业所得税，以分公司为纳税主体，核算其收入、成本、费用、损失等。向总公司上交的管理费，如符合独立交易原则，凭总公司开具的发票可在分公司税前列支；总公司相应确认企业所得税收入。
如向总公司上交税后利润，则不属于增值税征税范围，可直接通过「利润分配」科目核算，以总公司开具的收据做为会计凭证。
6、非独立核算的分公司，与总公司合并缴纳企业所得税，或者适用总分机构汇总纳税规定，在计算应纳税所得额时，总分公司为一个纳税主体。
分公司向总公司上交的管理费或者利润，无论增值税如何处理，会计上如何核算，均不影响总分公司的应纳税所得额。 南京聚盈全财务管理有限公司，是经南京市工商局和南京市财政局审批成立的专业代理企业工商事项、财务记账、各类建筑资质和各项许可证的专业服务机构。
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